扁桃病巣疾患としては、
掌蹠膿疱症、乾癬、多形滲出性紅斑、結節性紅斑等の皮膚疾患、IGA腎症、溶連菌感染後腎炎、慢性腎炎、特発性腎出血等の腎疾患、
胸肋鎖骨過形成症、関節リウマチ等の関節疾患、微熱、ブドウ膜炎などが考えられています。
そのうち、掌蹠膿疱症、IGA腎症、胸肋鎖骨過形成症は、代表的三扁桃病巣疾患と言われています。
成因は、各二次疾患で異なって一様でなく、ある種の抗原による免疫複合体疾患、自己免疫疾患などの、諸説があります。
以前は、扁桃病巣感染症という言葉が使用されていましたが、全てが感染症によるものではないために、この言葉は、現在は、使用されなくなっています。